LFF:n jäseninä on yhdeksän rekisteröityä rauhan- ja rukoushuoneyhdistystä. Liitto LFF ei ole varsinainen kattojärjestö koska jäsenyhdistykset ovat itsenäisiä ja päättävät omista asioistaan. LFF:n jäseneksi voidaan ottaa jokainen rekisteröity paikallinen rauhan- tai rukoushuoneyhdistys, jonka liiton hallitus hyväksyy.
Liiton asioita hoitaa hallitus. Jokaisella jäsenyhdistyksellä on yksi edustaja hallituksessa, jotka valitaan neljäksi vuodeksi niin että puolet hallituksen jäsenistä vaihtuvat joka toinen vuosi. Jäsen voidaan valita uudestaan aikaisintaan neljä vuotta toimikauden päätyttyä. Jäsenillä on henkilökohtaiset varajäsenet. Hallitus valitsee puheenjohtajan, varapuheenjohtajan, sihteerin ja taloudenhoitajan.
LFF:n korkein päättävä elin on liiton vuosikokous, joka pidetään viimeistään toukokuussa hallituksen määrämässä paikassa Pohjanmaalla. Vuosikokouksessa jokaista jäsenyhdistystä edustaa kolme valtuutettua edustajaa. Vuosikokous valitsee hallituksen ja LFF:n toiminnanjohtajan sekä lähetyslehden Sions Missionstidningin toimittajan. Muut toimihenkilöt valitsee hallitus.
LFF:n nimikirjoitusoikeudet on puheenjohtajalla yksin tai varapuheenjohtajalla yhdessä sihteerin kanssa.
LFF:n hallitus 2024
Olav Vikström, Puheenjohtaja
Johan Nyfelt, Bosund
Lars Ahola, Närvilä
Peter Sund, Näs
Anders Snellman, Risöhäll
Gerd Snellman, Skutnäs
Kai Tupeli, Punsar
Marianne Helmes, Etelä-Suomi
Johan Gädda, Vaasa
Muut vastuuhenkilöt
Stig-Erik Enkvist, toiminnanjohtaja
Vesa Pöyhtäri, lähetysjohtaja
Ann-Christin Snellman, perhetyöntekijä
Kevin Nyfelt, nuorisotyönjohtaja
Robin Heikkilä, mediatoimittaja
Toni Heikkilä, lähetystyöntekija Albaniassa
Emilia Heikkilä, lähetystyöntekijä Albaniassa
Dennis Svenfelt, lähetystyöntekijä Latviassa
Antero Heikkilä, LFF:n tilinhoitaja